Bao cao su được thiết kế để tạo một hàng rào vật lý, ngăn chặn tiếp xúc trực tiếp giữa da và dịch cơ thể. Đây là một trong những phương pháp phổ biến và hiệu quả nhất để phòng tránh các bệnh lây truyền qua đường tình dục và mang thai ngoài ý muốn, song không loại bỏ hoàn toàn nguy cơ. Điều này phụ thuộc vào nhiều yếu tố như cách sử dụng, loại bệnh lây nhiễm và chất lượng bao cao su.

Hiệu quả của bao cao su phụ thuộc lớn vào cách sử dụng. Các lỗi phổ biến như đeo sai hướng, rách bao cao su hoặc không đeo từ đầu đến cuối quan hệ sẽ làm giảm hiệu quả bảo vệ.

Chất lượng của bao cao su cũng là một yếu tố quan trọng. Sử dụng bao cao su hết hạn, lưu trữ không đúng cách hoặc tiếp xúc với nhiệt độ cao có thể làm giảm độ bền và tăng nguy cơ rách.

Hiệu quả của bao cao su còn phụ thuộc vào cơ chế lây truyền của từng loại bệnh. Các bệnh lây qua dịch cơ thể (như HIV, lậu, chlamydia, viêm gan B) dễ dàng được ngăn ngừa hơn các bệnh lây qua tiếp xúc da với da. Theo một nghiên cứu, bao cao su giảm tới 80-95% nguy cơ lây nhiễm HIV khi được sử dụng đúng cách. Còn các bệnh lây qua tiếp xúc da với da như sùi mào gà, giang mai và herpes sinh dục, bao cao su chỉ giúp phần nào nguy cơ, bởi chúng có thể lây truyền nếu vùng da bị nhiễm bệnh không được bao cao su che phủ.